สารนี้มีการใช้หลักในด้านการแพทย์ โดยเฉพาะในฐานะสารตั้งต้นหรือสารกลางในการสังเคราะห์ยาที่ใช้รักษาโรคติดเชื้อ เช่น ยาต้านเชื้อราและยาต้านจุลชีพบางชนิด โครงสร้างของเบนซ์ออกซาโบรอลที่มีการแทนที่ด้วยฟลูออรีนช่วยเพิ่มความสามารถในการจับกับเป้าหมายทางชีวภาพ ทำให้มีฤทธิ์ทางชีวภาพที่ดีขึ้น และช่วยให้สารออกฤทธิ์ได้เฉพาะจุดมากขึ้น นอกจากนี้ ยังถูกพัฒนาใช้ในงานวิจัยด้านยานำส่งยาเฉพาะที่ โดยเฉพาะในระบบผิวหนังหรือเยื่อบุต่าง ๆ เนื่องจากมีคุณสมบัติในการซึมผ่านชั้นเซลล์ได้ดีและมีความเสถียรในสภาวะชีวภาพ