6-Methoxybenzo[b]thiophene ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตยาหลากหลายชนิด โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีคุณค่าต่อการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปยังความผิดปกติของระบบประสาทส่วนกลาง เช่น ยาต้านอาการซึมเศร้าและยาแก้โรคจิต นอกจากนี้ยังนำไปใช้ในการสร้างสารเคมีเกษตร รวมถึงยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืช เนื่องจากคุณสมบัติโครงสร้างที่ช่วยเพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพ บทบาทในวิทยาศาสตร์วัสดุก็เด่นชัดเช่นกัน โดยมีส่วนในการสังเคราะห์เซมิคอนดักเตอร์อินทรีย์และวัสดุออปโตอิเล็กทรอนิกส์ ซึ่งช่วยในการพัฒนาอุปกรณ์อิเล็กทรอนิกส์