6-Chlorobenzothiophene ถูกนำมาใช้หลักในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ต่างๆ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเกษตรเคมี มันทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการผลิตโมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ รวมถึงผู้สมัครยาที่มีศักยภาพ โครงสร้างของมันมักถูกนำเข้าไปในสารประกอบที่แสดงคุณสมบัติทางรักษา เช่น ต้านการอักเสบ ต้านจุลินทรีย์ หรือต้านมะเร็ง นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการพัฒนาวัสดุสำหรับอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์ เนื่องจากธรรมชาติอะโรมาติกและเฮเทโรไซคลิกของมัน ซึ่งสามารถเพิ่มประสิทธิภาพของเซมิคอนดักเตอร์อินทรีย์หรือไดโอดแสงสว่าง นักวิจัยยังสำรวจอนุพันธ์ของมันสำหรับการประยุกต์ใช้ในการสังเคราะห์สีย้อม และเป็นบล็อกก่อสร้างสำหรับปฏิกิริยาเคมีที่ซับซ้อน