ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่ขัดต่อระบบประสาทส่วนกลางและยาต้านการอักเสบ โครงสร้างของมันทำหน้าที่เป็นบล็อกก่อสร้างในการสร้างโมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ เนื่องจากแกนเบนโทไทโอฟีนมีความสัมพันธ์กับตัวรับเอนไซม์บางชนิด ใช้กันทั่วไปในเคมียารักษาเพื่อสร้างยาที่ซับซ้อนมากขึ้น นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมสารเคมีพิเศษและวัสดุฟังก์ชันนัลที่ซึ่งฮีเทอโรไซเคิลที่มีกำมะถันช่วยเพิ่มคุณสมบัติอิเล็กทรอนิกส์หรือออปติคัล