5,6-Dimethoxybenzo[b]thiophene-2-carboxylic acid เป็นสารประกอบที่นำมาใช้หลัก ๆ ในงานสังเคราะห์อินทรีย์และการวิจัยทางเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการพัฒนาโมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพต่าง ๆ โดยเฉพาะอย่างยิ่งสำหรับยาที่เล็งเป้าไปที่โรคทางระบบประสาทและโรคหัวใจและหลอดเลือด โครงสร้างของมันมักถูกนำเข้าไปในยาที่เป็นผู้สมัครเนื่องจากศักยภาพในการเพิ่มความสัมพันธ์ในการจับและความเลือกสรรต่อตัวรับเฉพาะ นอกจากนี้ยังถูกสำรวจในการสังเคราะห์สารประกอบเฮเทโรไซคลิกใหม่ ๆ ซึ่งมีคุณค่าในเคมียารักษาโรคสำหรับการประยุกต์ใช้ทางบำบัดที่หลากหลาย นักวิจัยยังศึกษาบทบาทของมันในการสร้างโปรบเรืองแสงหรือเซ็นเซอร์สำหรับการศึกษาทางชีวเคมี โดยใช้ประโยชน์จากคุณสมบัติอิเล็กทรอนิกส์ที่เป็นเอกลักษณ์