5-Chloro-2-fluorobenzonitrile ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมเคมี โดยเฉพาะในกระบวนการสังเคราะห์สารเคมีที่มีความซับซ้อน มักใช้เป็นสารตั้งต้นในการผลิตสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาและสารกำจัดศัตรูพืช โดยมีบทบาทสำคัญในการผลิตสารออกฤทธิ์สำหรับยาฆ่าหญ้าสารกำจัดเชื้อรา ช่วยปกป้องพืชผลจากศัตรูพืชและโรคระบาด นอกจากนี้ ยังถูกนำไปใช้ในการพัฒนาสีย้อมและเม็ดสีบางชนิด ซึ่งช่วยในการให้สีแก่เนื้อวัสดุในงานอุตสาหกรรม และยังถูกนำไปใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์อื่น ๆ ที่มีประโยชน์ในด้านเภสัชกรรมและเกษตรกรรม เนื่องจากโครงสร้างของมันที่ประกอบด้วยหมู่ไนไตรล์และฮาโลเจน ซึ่งช่วยให้เกิดปฏิกิริยาเคมีที่หลากหลายและมีประสิทธิภาพ