3-Chloro-5-fluorobenzonitrile เป็นสารเคมีที่ใช้ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเกษตรกรรมอย่างแพร่หลาย โดยเฉพาะในกระบวนการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาต้านจุลชีพและยาฆ่าแมลง นอกจากนี้ ยังใช้เป็นสารตั้งต้นในการผลิตสารเคมีอื่น ๆ ที่มีความซับซ้อนมากขึ้น โดยเฉพาะในปฏิกิริยาการสร้างพันธะคาร์บอน-ไนโตรเจน ซึ่งเป็นขั้นตอนสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ต่าง ๆ อีกทั้งยังมีการนำไปใช้ในการวิจัยและพัฒนาเพื่อค้นหาสารใหม่ ๆ ที่มีศักยภาพในการรักษาโรคหรือเพิ่มประสิทธิภาพในการเกษตรอีกด้วย