3-Amino-4-fluorobenzonitrile ถูกนำไปใช้ในอุตสาหกรรมเคมีเพื่อเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบอื่นๆ ที่มีความสำคัญ โดยเฉพาะในกระบวนการผลิตยาและสารเคมีทางการเกษตร เนื่องจากโครงสร้างของมันมีทั้งกลุ่มอะมิโน กลุ่มฟลูออรีน และกลุ่มไนไตรล์ ซึ่งสามารถทำปฏิกิริยาได้หลากหลาย ทำให้เป็นสารที่มีประโยชน์ในการพัฒนายาใหม่ๆ เช่น ยาต้านมะเร็งหรือยาต้านเชื้อจุลชีพ นอกจากนี้ ยังสามารถใช้ในการวิจัยทางเคมีเพื่อศึกษาปฏิกิริยาและการเกิดสารประกอบใหม่ๆ ที่มีศักยภาพในการใช้งานด้านอื่นๆ อีกด้วย