3-Fluoro-2-iodobenzonitrile ถูกนำมาใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ที่มีความซับซ้อน โดยเฉพาะในกระบวนการ cross-coupling reactions เช่นปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura และปฏิกิริยา Sonogashira ซึ่งใช้ในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนในโมเลกุลที่ซับซ้อน นอกจากนี้ยังถูกใช้ในการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาและสารเคมีทางการเกษตร เนื่องจากโครงสร้างที่มีทั้งฟลูออรีนและไอโอดีนทำให้มีศักยภาพในการปรับปรุงประสิทธิภาพและความเลือกเฉพาะของสารผลิตภัณฑ์ที่ได้ นอกจากนี้ยังถูกใช้ในการสังเคราะห์สารผลึกเหลวและวัสดุขั้นสูง โดยที่คุณสมบัติทางอิเล็กทรอนิกส์สามารถปรับแต่งให้เหมาะกับการประยุกต์ใช้เฉพาะ