3-Fluoro-2-methylbenzonitrile มีการใช้งานหลักในอุตสาหกรรมเคมีเป็นสารตั้งต้นหรือ intermediate ในการสังเคราะห์สารเคมีอื่นๆ ที่มีความซับซ้อนมากขึ้น โดยเฉพาะในกระบวนการผลิตยาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เนื่องจากโครงสร้างของมันมีทั้งกลุ่มไนไตรล์และฟลูออรีน ซึ่งสามารถนำไปใช้ในการปรับปรุงคุณสมบัติทางเคมีและกายภาพของสารเป้าหมายได้ นอกจากนี้ยังอาจใช้ในการวิจัยและพัฒนายาเพื่อศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างโครงสร้างและกิจกรรมทางชีวภาพ (SAR)