3-Ethynylbenzonitrile เป็นสารเคมีที่ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในด้านการวิจัยและพัฒนายา เนื่องจากโครงสร้างที่มีทั้งกลุ่มไนไตรล์และเอทไวน์ ทำให้มันเป็นสารตั้งต้นที่สำคัญในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน เช่น ยาต้านมะเร็งหรือสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพอื่นๆ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการศึกษาปฏิกิริยาเคมีประเภทคลิกเคมี (Click Chemistry) ซึ่งเป็นเทคนิคที่นิยมในการเชื่อมต่อโมเลกุลอย่างรวดเร็วและมีประสิทธิภาพ ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม สารนี้มีบทบาทในการพัฒนายาใหม่ๆ และการปรับปรุงกระบวนการผลิตให้มีประสิทธิภาพมากขึ้น