3,5-Difluoro-4-nitrobenzonitrile ใช้หลักในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์และเคมีเกษตร โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญ โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถดัดแปลงทางเคมีเพิ่มเติมได้ ทำให้มีคุณค่าในการพัฒนาสารออกฤทธิ์สำหรับยาและสารกำจัดศัตรูพืช นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในงานวิจัยอินทรีย์เพื่อศึกษาสารประกอบอะโรมาติกฟลูออรีนและปฏิกิริยาของพวกเขา กลุ่มไนโตรและไนไตรล์ให้จุดหลากหลายสำหรับปฏิกิริยา ทำให้สามารถสร้างโมเลกุลซับซ้อนที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะได้