2,6-Bis(trifluoromethyl)benzonitrile ถูกนำมาใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีที่มีความซับซ้อน โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมยาและสารเคมีทางการเกษตร เนื่องจากโครงสร้างที่มีกลุ่มไตรฟลูออโรเมทิลที่เสถียรและกลุ่มไนไตรล์ที่ทำปฏิกิริยาได้ง่าย ทำให้เป็นสารสำคัญในการสร้างโมเลกุลเป้าหมายที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในกระบวนการวิจัยและพัฒนาเพื่อสร้างสารประกอบใหม่ที่มีคุณสมบัติเฉพาะทาง เช่น สารยับยั้งเอนไซม์หรือสารต้านจุลชีพ ในอุตสาหกรรมอิเล็กทรอนิกส์ อาจถูกนำมาใช้ในการผลิตวัสดุพิเศษที่มีความทนทานต่อความร้อนและสารเคมี