2,5-Dimethoxybenzonitrile ถูกใช้หลักๆ ในงานสังเคราะห์อินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตเภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตร กลุ่มไนไตรล์และสารย่อยเมทอกซี่ทำให้สารนี้มีคุณค่าต่อการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน โดยเฉพาะในการพัฒนาสารออกฤทธิ์ทางเภสัชภัณฑ์ (APIs) นอกจากนี้ยังถูกนำไปใช้ในการสังเคราะห์สีย้อมและเม็ดสี ซึ่งโครงสร้างอะโรมาติกช่วยเสริมความคงตัวของสี และยังพบการใช้งานในงานวิจัยเพื่อศึกษากลไกปฏิกิริยาและพัฒนาเส้นทางสังเคราะห์ใหม่