4-Chloro-2,5-difluorobenzonitrile ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีต่างๆ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมยาและเกษตรกรรม ในอุตสาหกรรมยา สารนี้มักถูกนำไปใช้ในการผลิตยาต้านจุลชีพและยารักษาโรคอื่นๆ ที่มีความซับซ้อนทางเคมี นอกจากนี้ยังสามารถนำไปใช้ในการสังเคราะห์สารกำจัดศัตรูพืชและสารป้องกันเชื้อราในภาคเกษตรกรรม ซึ่งช่วยเพิ่มประสิทธิภาพในการควบคุมโรคและแมลงศัตรูพืชได้อย่างมีประสิทธิภาพ