4-อะมิโน-2-ฟลูออโร-5-เมทอกซิบензอนิไตรล์ ถูกใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชกรรมต่างๆ โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่ขัดต่อระบบประสาทส่วนกลาง โครงสร้างของมันซึ่งมีกลุ่มอะมิโนที่ตำแหน่ง 4 ฟลูออโรที่ตำแหน่ง 2 และเมทอกซีที่ตำแหน่ง 5 บนแกนเบนโซไนไตรล์ มีคุณค่าในการสร้างโมเลกุลที่มีศักยภาพเป็นยาต้านซึมเศร้าและยาลดความวิตกกังวล นอกจากนี้ยังทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการผลิตสารเคมีเกษตร ช่วยในการพัฒนายาฆ่าหญ้าทุ่งและยาฆ่าแมลง กลุ่มฟังก์ชันที่ไม่เหมือนใครของสารนี้ช่วยให้สามารถใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างโมเลกุลซับซ้อนที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะเจาะจง