3-Methoxy-5-Nitrobenzonitrile ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นสารกลางในการผลิตเภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตรต่างๆ หมู่ไนโตรและไซยาโนทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายสำหรับการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน ในงานวิจัยเภสัชกรรม ถูกนำมาใช้ในการพัฒนาสารประกอบที่มีคุณสมบัติบำบัดที่เป็นไปได้ เช่น สารต้านจุลชีพหรือสารต้านมะเร็ง นอกจากนี้ ยังพบการใช้งานในการสังเคราะห์สีย้อมและเม็ดสีเนื่องจากโครงสร้างอะโรมาติกที่สามารถปรับเปลี่ยนเพื่อผลิตสารให้สี ความตอบสนองของมันยังทำให้มีประโยชน์ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการสร้างโพลิเมอร์หรือสารเคลือบพิเศษ