5-Amino-2,3-difluorobenzonitrile ถูกใช้หลักในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชภัณฑ์ขั้นสูง โดยเฉพาะในการพัฒนาส่วนผสมยาสำคัญ (APIs) โครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ของมันช่วยให้ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตยาที่มุ่งเป้าไปยังสาขาการรักษาต่าง ๆ รวมถึงมะเร็งวิทยาและความผิดปกติของระบบประสาทส่วนกลาง นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในการวิจัยสารเคมีเกษตร โดยใช้ในการสร้างยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ที่มีประสิทธิภาพและความเลือกสรรสูง กลุ่มฟลูออรีนและไนไตรล์ของมันมีส่วนช่วยในการตอบสนอง ทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่มีคุณค่าในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างโมเลกุลซับซ้อนที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะ