5-(Aminomethyl)-2-fluorobenzonitrile hydrochloride ถูกใช้หลักในงานวิจัยและพัฒนายาเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางเภสัชกรรม (APIs) ต่างๆ โครงสร้างของมันซึ่งมีทั้งกลุ่ม aminomethyl และอะตอมฟลูออรีน ทำให้มีคุณค่าในการออกแบบโมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะเจาะจง โดยเฉพาะในการพัฒนายากลุ่มระบบประสาทส่วนกลาง (CNS) และตัวยับยั้งเอนไซม์ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อนำระบบอะโรมาติกฟลูออรีนเข้าไป ซึ่งมีความสำคัญในการเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมทางชีวภาพของยาที่เป็นผู้สมัคร รูปแบบ hydrochloride ช่วยให้ละลายได้ดีขึ้นและจัดการง่ายในห้องปฏิบัติการ