3,5-Difluorobenzonitrile ถูกใช้อย่างแพร่หลายเป็นสารกลางในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการผลิตเภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตร โครงสร้างของมันที่มีทั้งกลุ่มไนไตรล์และฟลูออรีน ทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่มีคุณค่าสำหรับการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม มันถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์ส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) สำหรับยาที่มุ่งเป้าไปยังพื้นที่บำบัดต่างๆ รวมถึงความผิดปกติของระบบประสาทส่วนกลางและมะเร็ง นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นหลักในการพัฒนาสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าแมลง ซึ่งวงแหวนอะโรมาติกฟลูออรีนช่วยเพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพและความเสถียรของสารประกอบสุดท้าย ความหลากหลายของมันยังขยายไปถึงวิทยาศาสตร์วัสดุ ซึ่งใช้ในการเตรียมโพลิเมอร์พิเศษและผลึกเหลว