2-Methoxy-5-(trifluoromethoxy)benzonitrile ใช้หลักในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ขั้นสูง โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตเภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตร โครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ของสารนี้ช่วยให้สามารถนำกลุ่ม trifluoromethoxy และ nitrile เข้าสู่โมเลกุลเป้าหมาย เพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพและความเสถียร ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม สารนี้ถูกนำมาใช้ในการพัฒนาส่วนประกอบออกฤทธิ์หลักสำหรับยาที่กำหนดเป้าหมายความผิดปกติของระบบประสาทส่วนกลางและโรคอักเสบ นอกจากนี้ ยังประยุกต์ใช้ในการสร้างสารป้องกันพืช ซึ่งช่วยเพิ่มประสิทธิภาพของสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าแมลงโดยปรับปรุงการโต้ตอบกับเป้าหมายทางชีวภาพ