Methyl 2-chloro-6-iodobenzoate ใช้หลักๆ เป็นสารกลางในการสังเคราะห์อินทรีย์ เป็นส่วนประกอบหลักสำคัญในการเตรียมโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น โดยเฉพาะในงานวิจัยเภสัชกรรม สารนี้มักใช้ในการพัฒนาสารออกฤทธิ์ทางเภสัชกรรม (APIs) เนื่องจากมีจุดปฏิกิริยาที่ช่วยให้สามารถปรับแต่งโครงสร้างเพิ่มเติมได้ นอกจากนี้ ยังใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตร ซึ่งช่วยในการสร้างสารประกอบที่มีคุณสมบัติกำจัดศัตรูพืชหรือวัชพืช โครงสร้างของสารนี้มีคุณค่าต่อปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม (cross-coupling) เช่น Suzuki หรือ Sonogashira couplings ซึ่งจำเป็นต่อการสร้างโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ