Methyl 3-bromo-5-fluoro-4-nitrobenzoate ถูกใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะสารประกอบกลาง (intermediate compound) โครงสร้างของมันซึ่งประกอบด้วยกลุ่มโบรโม ฟลูออโร และไนโตร ทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่มีคุณค่าต่อการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น โดยเฉพาะในงานวิจัยเภสัชกรรมและเกษตรเคมี สารประกอบนี้มักถูกนำไปใช้ในการพัฒนาส่วนผสมยาสำคัญ (active pharmaceutical ingredients: APIs) เนื่องจากความสามารถในการเข้าร่วมปฏิกิริยาเคมีหลากหลาย เช่น การแทนที่นิวคลีโอฟิลิกและปฏิกิริยาคัปปลิ้ง นอกจากนี้ กลุ่มไนโตรของมันสามารถถูกย่อส่วนให้เป็นอะมีน ซึ่งมีความสำคัญต่อการสังเคราะห์ยาหลายชนิด ในด้านเกษตรเคมี มันทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำหรับการสร้างสารกำจัดวัชพืช สารกำจัดเชื้อรา และสารกำจัดแมลง โดยอาศัยคุณสมบัติอะโรมาติกที่ถูกฮาโลเจนแทนที่เพื่อเพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพ ความหลากหลายและปฏิกิริยาของมันทำให้เป็นส่วนประกอบหลักในการออกแบบและผลิตผลิตภัณฑ์เคมีเฉพาะทาง