2-Methylthio-4-trifluoromethylbenzoic acid ใช้หลักในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตร โดยเฉพาะในการพัฒนายาฆ่าหญ้าและยาฆ่าแมลง โครงสร้างของสารนี้ช่วยให้ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสร้างสารประกอบที่เล็งเป้าไปยังเอนไซม์หรือเส้นทางเฉพาะในวัชพืชและศัตรูพืช ซึ่งช่วยเพิ่มประสิทธิภาพของผลิตภัณฑ์ป้องกันพืช นอกจากนี้ ยังนำไปใช้ในการวิจัยเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการออกแบบโมเลกุลที่มีคุณสมบัติบำบัดที่เป็นไปได้ เช่น สารต้านการอักเสบหรือต้านจุลินทรีย์ กลุ่ม trifluoromethyl ช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและ bioavailability ทำให้มีคุณค่าในการค้นพบยา