เมทิล 5-ไซยาโน-2-เมทอกซิเบนโซเอต ใช้หลักๆ เป็นสารกลางในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการผลิตยาและสารเคมีเกษตร โครงสร้างของมันที่มีทั้งกลุ่มฟังก์ชันไซยาโนและเมทอกซี ทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายสำหรับการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น ในงานวิจัยเภสัชกรรม ใช้ในการพัฒนาสารประกอบที่มีคุณสมบัติบำบัดที่เป็นไปได้ เช่น สารต้านการอักเสบหรือยาต้านมะเร็ง นอกจากนี้ ยังเป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารเคมีละเอียดและวัสดุพิเศษ สนับสนุนความก้าวหน้าในวิทยาศาสตร์วัสดุและเคมีอุตสาหกรรม การประยุกต์ใช้ยังขยายไปถึงการพัฒนาสีย้อมและเม็ดสี ที่ซึ่งคุณสมบัติทางเคมีที่เป็นเอกลักษณ์ช่วยเพิ่มความเสถียรของสีและประสิทธิภาพ