Methyl 5-fluoro-2-methoxybenzoate ถูกใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมในฐานะสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ส่วนประกอบยาสำคัญที่ใช้งานได้หลากหลาย (APIs) โครงสร้างของมันที่มีทั้งกลุ่มฟลูออโรและเมทอกซี่ ทำให้มีคุณค่าในการสร้างโมเลกุลซับซ้อนที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะเจาะจง โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีประโยชน์ในการพัฒนายาต้านการอักเสบ ต้านจุลินทรีย์ และต้านมะเร็ง นอกจากนี้ สารประกอบนี้ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์สำหรับการเตรียมสารเคมีละเอียดและสารเคมีเกษตร โดยที่กลุ่มฟังก์ชันที่ไม่เหมือนใครของมันมีส่วนช่วยในการสร้างคุณสมบัติทางเคมีและปฏิกิริยาที่ต้องการ บทบาทของมันในการวิจัยและพัฒนายังขยายไปถึงการศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-กิจกรรม (SAR) ในการค้นพบยา