4-Guanidinobenzoic acid hydrochloride ใช้เป็นหลักในการวิจัยทางชีวเคมีในฐานะสารยับยั้งทริปซินที่มีประสิทธิภาพสูงและสารเคมีสำหรับการศึกษาเกี่ยวกับการยับยั้งเอนไซม์ (โดยเฉพาะ serine proteases) และการโต้ตอบของโปรตีน กลุ่ม guanidinium ของมันช่วยให้สามารถจับติดกับโมเลกุลที่มีประจุลบอย่างแข็งแกร่ง เช่น กรดอะมิโนอะสพาร์เทตในบริเวณจุดออกฤทธิ์ของโปรตีเอส ทำให้มีประโยชน์ในการตรวจสอบกลไกการจับในระบบชีวภาพ นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในการสังเคราะห์อนุพันธ์เปปไทด์และเป็นสารตั้งต้นพื้นฐานในเคมีอินทรีย์สำหรับการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น บทบาทของมันในการปกป้องโปรตีนจากการย่อยสลายโดยโปรตีเอส (ทำให้คงตัว) และเพิ่มความสามารถในการละลายในสารละลายน้ำก็ทำให้มีคุณค่าต่อการศึกษาทางชีวฟิสิกส์