3,4-Difluoro-5-methoxybenzoic acid ถูกนำมาใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมีที่มีความซับซ้อน เช่น ยาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เนื่องจากโครงสร้างที่มีทั้งกลุ่มฟลูออรีนและเมทอกซี ซึ่งสามารถปรับปรุงคุณสมบัติทางกายภาพและเคมีของสารเป้าหมายได้ นอกจากนี้ ยังสามารถใช้ในการวิจัยและพัฒนายาเพื่อปรับปรุงประสิทธิภาพและความเสถียรของโมเลกุลยา โดยเฉพาะในกลุ่มยาที่เกี่ยวข้องกับการรักษาโรคทางระบบประสาทหรือมะเร็ง