ใช้เป็นตัวกลางในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนาโมเลกุลอะโรมาติกฟลูออรีนที่เพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึม ใช้ทั่วไปในปฏิกิริยาการจับคู่เปปไทด์และการสังเคราะห์แบบเฟสของแข็ง เนื่องจากมีทั้งหมู่คาร์บอกซิลิกแอซิดและหมู่อะมีนที่ได้รับการป้องกัน หมู่ tert-butoxycarbonyl (Boc) ช่วยให้สามารถถอดการป้องกันได้อย่างเลือกสรรภายใต้สภาวะกรดอ่อนๆ ซึ่งช่วยในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนแบบขั้นตอน พบใช้บ่อยในเส้นทางการสังเคราะห์โมเลกุลชีวภาพ รวมถึงตัวยับยั้ง kinase และตัวแทนบำบัดอื่นๆ ที่การแทนที่ด้วยฟลูออรีนช่วยปรับปรุงความเข้มข้นในการจับและคุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์