5-Cyano-2-methoxybenzoic acid ถูกใช้หลัก ๆ ในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตสารประกอบเภสัชกรรมต่าง ๆ โครงสร้างของมันซึ่งมีทั้งกลุ่มฟังก์ชันไซยาโนและเมทอกซี่ ทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายสำหรับการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น มันมักถูกใช้ในการพัฒนาส่วนผสมเภสัชกรรมที่ใช้งานได้ (APIs) สำหรับยาที่เล็งเป้าไปยังโรคเฉพาะ รวมถึงยาต้านการอักเสบและยาต้านมะเร็ง นอกจากนี้ การมีอยู่ในปฏิกิริยาเคมีสามารถอำนวยความสะดวกในการสังเคราะห์สารประกอบเฮเทอโรไซคลิก ซึ่งมีความสำคัญในเคมียารักษา สารประกอบนี้ยังถูกใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยสำหรับศึกษากลไกปฏิกิริยาและพัฒนาเส้นทางสังเคราะห์ใหม่