5-Iodobenzofuran ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายสำหรับการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น อะตอมไอโอดีนของมันทำให้เป็นสารกลางที่มีคุณค่าในการทำปฏิกิริยาครอสคัปเปลิง เช่น Suzuki-Miyaura และ Sonogashira couplings ซึ่งจำเป็นในการพัฒนาเภสัชภัณฑ์ สารเคมีเกษตร และวิทยาศาสตร์วัสดุ นอกจากนี้ยังเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบเฮเทโรไซคลิก ซึ่งมักถูกสำรวจสำหรับกิจกรรมทางชีวภาพ รวมถึงคุณสมบัติต้านมะเร็งและต้านจุลินทรีย์ที่เป็นไปได้ การประยุกต์ใช้ขยายไปยังสาขาเคมียารักษาโรค ซึ่งใช้ในการออกแบบและปรับปรุงผู้สมัครยาให้มีประสิทธิภาพและความเลือกสรรที่ดีขึ้น