5-Chloro-6-fluoro-1-benzofuran-2-carboxylic acid เป็นสารเคมีที่นิยมใช้ในการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางยา โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม มักใช้เป็นสารตั้งต้นหรือ intermediate ในการผลิตยาต้านจุลชีพและยาต้านไวรัส เนื่องจากโครงสร้างที่มีทั้งหมู่คลอรีนและฟลูออรีนช่วยเพิ่มประสิทธิภาพในการออกฤทธิ์ทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังมีการศึกษาการนำไปใช้ในการพัฒนายาเพื่อรักษาโรคติดเชื้อและโรคที่เกี่ยวข้องกับระบบภูมิคุ้มกันอีกด้วย