6-Fluorobenzofuran-3-carboxylic acid ถูกใช้หลักในงานวิจัยและพัฒนายาในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมเป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารชีวภาพต่างๆ โครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ซึ่งรวมวงแหวนเบนโซฟูรานและตัวแทนฟลูออรีน ทำให้มีคุณค่าในการออกแบบโมเลกุลที่มีคุณสมบัติบำบัดที่เป็นไปได้ มักใช้ในการสร้างยารักษาโรคทางระบบประสาท การอักเสบ และมะเร็ง เนื่องจากช่วยเพิ่มความสามารถในการจับและความเสถียรทางเมแทบอลิซึม นอกจากนี้ สารนี้ยังใช้ในเคมีอินทรีย์เป็นบล็อกก่อสร้างสำหรับโครงสร้างเฮเทโรไซคลิกที่ซับซ้อน ซึ่งจำเป็นในเคมียารักษาและวิทยาศาสตร์วัสดุ การประยุกต์ใช้ยังขยายไปสู่งานวิจัยเกษตรเคมี ที่ซึ่งทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในการพัฒนายาฆ่าแมลงและวัชยาใหม่ๆ