5-Methoxy-6-nitrobenzo[d][1,3]dioxole ใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีที่มีความซับซ้อน โดยเฉพาะในกระบวนการวิจัยและพัฒนายา โดยเป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสร้างโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาต้านเชื้อแบคทีเรียหรือยาต้านมะเร็ง นอกจากนี้ ยังอาจถูกนำไปใช้ในการศึกษาปฏิกิริยาเคมีเพื่อพัฒนาวิธีการสังเคราะห์ใหม่ๆ ที่มีประสิทธิภาพสูง และมีความเฉพาะเจาะจงมากขึ้น