5-คลอโร-1,3-เบนโซไดออกซอล-4-เอมีน ใช้หลักๆ ในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตยาและสารเคมีเกษตรต่างๆ มีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนาสารที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ เช่น สารต้านจุลชีพหรือสารต้านเชื้อรา โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถปรับแต่งเพิ่มเติมได้ ทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายในเคมียารักษาโรค นอกจากนี้ ยังอาจถูกนำไปใช้ในงานวิจัยเพื่อศึกษาการสังเคราะห์และปฏิกิริยาของอนุพันธ์เบนโซไดออกซอล