3-Aminobenzo[d]isoxazole-6-carbonitrile ถูกนำมาใช้หลักๆ ในสาขาเคมียารักษาโรคและการวิจัยเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพต่างๆ โดยเฉพาะสารที่เล็งเป้าไปยังความผิดปกติของระบบประสาทส่วนกลาง โครงสร้างของมันมักถูกนำไปรวมในออกแบบโมเลกุลที่มีศักยภาพในการเป็นยารักษาอาการทางจิต (antipsychotic) ยาต้านชัก (anticonvulsant) หรือยาลดความวิตกกังวล (anxiolytic) นอกจากนี้ สารนี้ยังถูกสำรวจในการพัฒนายับยั้งเอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะเจาะจง ซึ่งช่วยในการค้นพบยารักษาใหม่ๆ การประยุกต์ใช้ยังขยายไปสู่การสังเคราะห์อินทรีย์ โดยใช้ในการสร้างระบบเฮเตอร์โรไซคลิกที่ซับซ้อนสำหรับการดัดแปลงทางเคมีและการศึกษาเพิ่มเติม