5-Iodobenzo[d]isoxazole ถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น โดยเฉพาะในการวิจัยทางเภสัชกรรม ทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในการพัฒนาสารประกอบที่มีศักยภาพทางชีวภาพ เช่น ยับยั้งเอนไซม์หรือตัวรับ อะตอมไอโอดีนของมันทำให้เป็นสารกลางที่มีคุณค่าสำหรับปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม ซึ่งช่วยให้สร้างโครงสร้างเคมีที่หลากหลาย ใช้ในการศึกษาอนุพันธ์ไอโซซอกซาโซล ซึ่งเป็นที่รู้จักสำหรับคุณสมบัติบำบัดในการรักษาโรคทางระบบประสาทและการอักเสบ นอกจากนี้ยังใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการออกแบบวัสดุฟังก์ชันที่มีคุณสมบัติอิเล็กทรอนิกส์หรือทางแสงเฉพาะ