3-Chlorobenzoisothiazole 1,1-Dioxide ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารอินทรีย์สำหรับพัฒนายาต่างๆ ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม โดยโครงสร้างของมันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการสร้างโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ รวมถึงยารักษาที่มีศักยภาพในการรักษาอาการอักเสบและการติดเชื้อแบคทีเรีย นอกจากนี้ ยังใช้เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตร เช่น ยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืช คุณสมบัติทางเคมีที่เป็นเอกลักษณ์ยังทำให้เหมาะสำหรับการวิจัยในด้านวิทยาศาสตร์วัสดุ เพื่อพัฒนาโพลิเมอร์หรือสารเคลือบใหม่ที่มีฟังก์ชันเฉพาะ