5-Amino-2-(hydroxymethyl)benzimidazole ถูกนำมาใช้หลักในการสังเคราะห์ยาต่างๆ โดยเฉพาะยาที่ขัดต่อการติดเชื้อปรสิต สารนี้ทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการผลิตยาต้านพยาธิ ซึ่งจำเป็นสำหรับการรักษาโรคที่เกิดจากหนอนปรสิตทั้งในมนุษย์และสัตว์ นอกจากนี้ ยังมีการนำไปใช้ในการพัฒนายาต้านเชื้อราบางชนิด ซึ่งช่วยในการรักษาการติดเชื้อรา บทบาทของมันในการสร้างยารักษาเหล่านี้เน้นย้ำถึงความสำคัญในสาขาเคมีทางการแพทย์ นอกจากนี้ บางครั้งยังถูกใช้ในงานวิจัยเพื่อศึกษากลไกการออกฤทธิ์ของอนุพันธ์เบนซิมิดาโซล ช่วยในการค้นพบยาใหม่ที่มีประสิทธิภาพและโปรไฟล์ความปลอดภัยที่ดีขึ้น