เบนซิมิโดไฮดราซิดถูกใช้อย่างแพร่หลายในสาขาเคมีทางการแพทย์ในฐานะสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพต่างๆ มันมีบทบาทสำคัญในการพัฒนายาต้านเชื้อรา ต้านแบคทีเรีย และต้านมะเร็ง เนื่องจากความสามารถในการโต้ตอบกับเป้าหมายทางชีวภาพอย่างมีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการเตรียมสารประกอบเฮเตอร์โรไซคลิก ซึ่งมีความสำคัญในกระบวนการค้นพบและพัฒนายา ความหลากหลายของมันยังขยายไปถึงเคมีเกษตร ที่ซึ่งมันมีส่วนช่วยในการสร้างสารกำจัดศัตรูพืชและสารกำจัดวัชพืชที่ช่วยปกป้องพืชผลจากศัตรูพืชและโรค