5-Amino-2-mercaptobenzimidazole ถูกใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมในฐานะสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยาหลากหลายชนิด โดยเฉพาะยาที่มีสมบัติต้านการอักเสบ ต้านไวรัส และต้านมะเร็ง โครงสร้างเฉพาะตัวของสารนี้ช่วยให้ทำหน้าที่เป็นชิ้นส่วนพื้นฐานในการสร้างโมเลกุลซับซ้อนที่เล็งเป้าไปยังเส้นทางชีวภาพเฉพาะเจาะจง นอกจากนี้ยังนำไปใช้ในการผลิตสารยับยั้งการกัดกร่อน ซึ่งช่วยปกป้องพื้นผิวโลหะจากการเสื่อมสภาพในสภาพแวดล้อมอุตสาหกรรม ในด้านการสังเคราะห์อินทรีย์ สารนี้เป็นสารตั้งต้นที่หลากหลายในการสร้างสารประกอบเฮเตอโรไซคลิก ซึ่งมีความสำคัญในการพัฒนาสารเคมีเกษตรและสีย้อม ความสามารถในการเกิดคอมเพล็กซ์ที่เสถียรกับโลหะยังทำให้มีประโยชน์ในเคมีวิเคราะห์สำหรับการตรวจจับและแยกไอออนโลหะ