5,6-Dimethoxybenzimidazole ใช้หลักๆ ในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตยาต่างๆ โครงสร้างของมันมีคุณค่าในการพัฒนาสารประกอบที่มีคุณสมบัติบำบัดที่เป็นไปได้ โดยเฉพาะในงานวิจัยยาต้านมะเร็งและยาต้านไวรัส นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการสังเคราะห์สีย้อมและเม็ดสี เนื่องจากความสามารถในการสร้างคอมเพล็กซ์สีที่เสถียร ในด้านวิทยาศาสตร์วัสดุ ถูกนำมาใช้ในการสร้างโพลิเมอร์ขั้นสูงและสารเคลือบ ซึ่งช่วยเพิ่มความทนทานและประสิทธิภาพ บทบาทในเคมีเชิงประสานก็เด่นชัด โดยทำหน้าที่เป็นลิแกนด์ในการสร้างคอมเพล็กซ์โลหะที่มีคุณสมบัติเร่งปฏิกิริยาหรือคุณสมบัติแม่เหล็กเฉพาะ