2-Chloro-1-methylbenzimidazole ถูกใช้หลักในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชภัณฑ์ต่างๆ โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตยาที่มีคุณสมบัติต้านเชื้อรา ต้านไวรัส และต้านมะเร็ง นอกจากนี้ ยังถูกนำไปใช้ในการพัฒนาสารเคมีเกษตร โดยเฉพาะในการสร้างสารกำจัดศัตรูพืชและสารกำจัดวัชพืช เนื่องจากความสามารถในการรบกวนกระบวนการทางชีวภาพในสิ่งมีชีวิตเป้าหมาย สารประกอบนี้ยังถูกสำรวจในงานวิจัยเคมีอินทรีย์สำหรับการสร้างโครงสร้างเฮเทอโรไซคลิกที่ซับซ้อน ซึ่งมีคุณค่าในการออกแบบวัสดุใหม่และโมเลกุลชีวภาพที่มีฤทธิ์ ความหลากหลายของมันทำให้เป็นส่วนประกอบสำคัญทั้งในแอปพลิเคชันอุตสาหกรรมและวิชาการทางเคมี