ใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการผลิตสารต้านไวรัสและสารต้านมะเร็ง ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการพัฒนาสารอะนาล็อกนิวคลีโอไซด์ ซึ่งเลียนแบบนิวคลีโอไซด์ตามธรรมชาติและรบกวนการจำลองแบบของไวรัสหรือการเพิ่มจำนวนเซลล์มะเร็ง ยังถูกนำมาใช้ในการวิจัยเพื่อออกแบบสารประกอบเฮเทอโรไซคลิกใหม่ที่มีศักยภาพทางชีวภาพ หมู่คลอรีนช่วยให้สามารถทำการปรับแต่งเพิ่มเติมผ่านปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม ทำให้มีคุณค่าต่อเคมีเภสัชกรรมและการค้นพบยา