ใช้หลักly เป็นสารกลางในการสังเคราะห์ยาและสารเคมีเกษตร โครงสร้างอะโรมาติกฟลูออรีนช่วยเพิ่มความจำเพาะในการจับและความเสถียรทางเมแทบอลิซึมในโมเลกุลชีวภาพที่ออกฤทธิ์ นิยมใช้ในการพัฒนายาฆ่าหญ้าและยาฆ่าเชื้อราเนื่องจากเพิ่ม lipophilicity และการซึมผ่านเยื่อหุ้มเซลล์ นอกจากนี้ยังใช้ในเคมียารักษาเพื่อสร้างตัวยับยั้ง kinase และการบำบัดแบบกำหนดเป้าหมายอื่นๆ โดยซึ่งอะตอมฟลูออรีนช่วยปรับแต่งผลทางอิเล็กทรอนิกส์และปรับปรุงคุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์