ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนาสารเคมีเกษตรและโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โครงสร้างฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและลิโพฟิลิก ทำให้มีคุณค่าในเคมีเภสัชวิทยาสำหรับการปรับปรุงยาตัวสมัคร ใช้บ่อยในการเตรียมสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าเชื้อรา เนื่องจากช่วยปรับปรุงการซึมผ่านของสารประกอบและการจับเป้าหมายในพยาธิพืช นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยเพื่อออกแบบอนุพันธ์ฟลูออรีนใหม่ที่มีกิจกรรมทางชีวภาพสูงขึ้น