3-Fluoro-5-iodobenzaldehyde ใช้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนาสารประกอบที่มุ่งเป้าไปยังความผิดปกติของระบบประสาทส่วนกลาง มีบทบาทในการเตรียมลิแกนด์สำหรับการศึกษารับเซอร์ ช่วยในการทำความเข้าใจเส้นทางระบบประสาท นอกจากนี้ ยังนำมาใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างโมเลกุลซับซ้อนที่มีการประยุกต์ใช้ทางบำบัดที่เป็นไปได้ เช่น สารต้านการอักเสบและสารต้านมะเร็ง โครงสร้างที่ถูกแทนที่ด้วยฮาโลเจนทำให้มีคุณค่าในการปฏิกิริยาครอสคัปเปลิง ซึ่งช่วยในการสร้างห้องสมุดเคมีที่หลากหลายสำหรับการค้นพบยา