Bismarck Brown Y ใช้หลัก ๆ เป็นสีย้อมทางชีวภาพในฮิสโทโลยีและจุลชีววิทยา มีประสิทธิภาพในการย้อมเนื้อเยื่อเพื่อการตรวจสอบด้วยกล้องจุลทรรศน์ โดยเฉพาะในการเน้นโครงสร้างเซลล์บางประเภท ในอุตสาหกรรมสิ่งทอ ใช้เป็นสีย้อมสำหรับย้อมสีผ้า หนัง และกระดาษ ให้ได้เฉดสีน้ำตาลหลากหลาย นอกจากนี้ ยังนำไปใช้ในการผลิตหมึกและสารเคลือบผิว ซึ่งคุณสมบัติการย้อมสีมีประโยชน์ สีย้อมนี้ยังใช้ในสถานการศึกษาและการวิจัยสำหรับการสาธิตเทคนิคการย้อมและการศึกษารูปแบบเซลล์