Azido-PEG3-phosphonic acid ethyl ester ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการเชื่อมต่อทางชีวภาพ (bioconjugation) และการวิจัยทางชีวเคมี (chemical biology) กลุ่ม azide ของสารนี้ช่วยให้เกิดปฏิกิริยา click chemistry โดยเฉพาะอย่างยิ่ง copper-catalyzed azide-alkyne cycloaddition (CuAAC) ทำให้มีคุณค่าต่อการติดฉลาก การปรับเปลี่ยน หรือการเชื่อมโยงโมเลกุลชีวภาพ เช่น โปรตีน เพปไทด์ และกรดนิวคลีอิก Spacer PEG ช่วยเพิ่มความละลายและลดการขัดขวางแบบ steric ทำให้ประสิทธิภาพของปฏิกิริยาดีขึ้นในสภาพแวดล้อมน้ำ นอกจากนี้ กลุ่ม phosphonic acid ethyl ester ช่วยให้สามารถทำการ functionalized เพิ่มเติมหรือติดกับพื้นผิว ทำให้มีประโยชน์ในการพัฒนา biosensor ระบบนำส่งยา และการเคลือบพื้นผิว ความหลากหลายของสารนี้สนับสนุนการประยุกต์ใช้ในด้านการค้นพบยา การวินิจฉัย และวิทยาศาสตร์วัสดุ