Azido-PEG2-C6-Cl ใช้ในการสังเคราะห์โมเลกุลทางชีวภาพและเคมี โดยเฉพาะในกระบวนการเชื่อมโยงโมเลกุล (bioconjugation) และการปรับเปลี่ยนพื้นผิววัสดุ (surface modification) เนื่องจากมีกลุ่ม azide ที่สามารถทำปฏิกิริยาแบบ click chemistry กับกลุ่ม alkyne ได้อย่างมีประสิทธิภาพ ทำให้เป็นสารสำคัญในการพัฒนายา, ชีววัสดุ, และนาโนเทคโนโลยี นอกจากนี้ยังใช้ในการศึกษาปฏิสัมพันธ์ของโปรตีนและดีเอ็นเอ รวมถึงการสร้างระบบนำส่งยาที่แม่นยำ